第三军医大学医学检验系是全军唯一培养医学检验本科人才的单位，为临床检验诊断学博士学位授权学科、微生物与生化制药硕士学位授权学科、重庆市重点学科。医学检验系始建于一九八六年十一月，是一个集教学、科研和科技成果转化为一体的医学检验人才培训基地，在国内同行中具有较高的知名度和学术地位。
现设5个教研室，即分析化学教研室、临床检验学教研室、临床血液学教研室、临床生物化学教研室、临床微生物学及免疫学教研室。现有正副教授15名，其中博士导师3名、硕士导师7名；教职员中具有硕士以上学历占主系列总人数80%；有5名专家担任了国家和军队学术团体的学术职务及有关杂志的编委。全系现有总价值为2500多万元的教学、科研设备，有符合GMP标准、建筑面积4000多平方米的新药中试基地。“九五”以来，承担了国家重点攻关项目、国家863重大项目国家新药基金、国家自然科学基金等一大批科研项目，到位科研资金2480余万元，特别是“人幽门螺杆菌疫苗(HPV)”的研究引起了国内外的广泛关注；获全军(省部级)科技进步奖多项；科研成果转化取得了良好的社会和经济效益。
医学检验系有着丰厚的教学经验和教学成果，从建系之初，即开始了全日制本科、研究生的教学历程，从1996年始面向部队开办医学检验函授专科起点本科班，目前每年承担博士和博士后、硕士、五年制本科、三年制专科起点本科五个层次的医学检验专业人才的培训任务，已为国家和军队培养5000多名医学检验高级人才。先后获得国家、军队（省市）级教学成果10余项。
“十五”以来，我系按照学校“一条主线、四项重点”办学思路，确立了建设四个基地、创建国家级重点学科的奋斗目标。大力弘扬了“无私奉献的敬业精神，勇攀高峰的创新精神，团结拼搏的进取精神，求真务实的创业精神”，积极进行了“高层次的检验人才培养基地、高水平的医学创新基地、高质量的临床检测基地和高效益的科技成果转化基地”建设，启动了新兴学科“军事检验医学”的建设工作，极大地促进了我系学科建设快速发展。
