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Commun Biol:鉴定有害细菌的新方法

日期:2019-12-22 22:15:00 来源: 生物谷 点击:

一种新的细菌鉴定方法,称为ON-rep-seq,可检查细菌基因组的选择性,从而尽早起到预测的效果。此前往往需要对整个细菌基因组进行DNA测序,而且这一直是微生物菌株级分型的黄金标准。

如今,如果要基于细菌DNA进行准确鉴定,需要昂贵的仪器以及训练有素的专家进行数小时的工作。通常,为了定位其起源,研究人员不仅要分析许多样品,而且分析必须精确,以便将一种细菌菌株与另一种细菌菌株区分开。

(图片来源:Www.pixabay.com)

文章作者卢卡斯说:“我们的新方法可以在不到两个小时的时间内识别和分类数百个样本,我们希望能够做到“实时”化。”

新方法基于纳米孔测序,这是一种新的实时DNA测序方法,“肯定会彻底改变DNA测序的未来”。该研究项目是与波兰公司GenXone S.A.合作完成的,该公司同时帮助建立了生物信息学流水线,该流水线是执行快速高效分析测序数据所必需的。

牛津纳米孔技术有限公司提供的最小的测序仪,称为MinION,是一款售价999美元的手持式USB供电设备,于2015年商用。一年后,它被带到了国际空间站,在那里它实现了第一个DNA测序实验。尽管MinION提供了DNA测序方面的无可争议的革命,但很快就很清楚,由于诸如以下原因,该设备生成的数据仍不完美,而且分析成本仍然相对昂贵(每个细菌约150美元)。

这种快速和廉价的小型设备为食品安全提供了巨大的机会。哥本哈根大学食品科学系的科学家们发现,利用该技术可以建立一次分析数百种细菌的方法,将成本降低到每个细菌不到2美元,而同时将准确性提高到了200倍以上。

“我们的方法不仅可以在食品安全中使用,以达到快速找到引起疾病或促进健康的细菌的目的,还可以在卫生部门中使用”。(生物谷Bioon.com)

资讯出处:Scientists identify harmful bacteria based on its DNA at a very low cost

原始出处:Łukasz Krych, Josué L. Castro-Mejía, Laura M. Forero-Junco, Daniel N. Moesby, Morten B. Mikkelsen, Morten A. Rasmussen, Maciej Sykulski, Dennis S. Nielsen. DNA enrichment and tagmentation method for species-level identification and strain-level differentiation using ON-rep-seq. Communications Biology, 2019; 2 (1) DOI: 10.1038/s42003-019-0617-



(责任编辑:xsq)

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